集中式空调净化系统的划分系统时一般有如下考虑：
        1、采用粗效、中效、高效过滤器的三级净化系统宜与仅有粗效、中效或高效、中效过滤器的两级净化系统分开。单向净室的空调净化系统宜分开。
运行时间不同的空调净化系统宜分开。
        2、产生有毒和有害物的房间与一般房间的空调净化系统应分开。“制造或分装青霉素等强致敏性药物、某些甾体药物、高活性、有毒害药物操作室的空调系统要和其他药物操作室的空调系统完全分开，防止交叉污染……”
        3、回风温、湿度很高与回风温、的空调净化系统宜分开。
        4、集中用半径不宜过长，面积较大时，宜根据以上原则划分为多个系统。
        各系统尽可能避免管道交叉，风量相近为宜。系统划分原则中，有些是可以根据实际情况，在采取必要措施后灵活执行的。例如作者在毛里求斯某药厂的设计中，根据空调净化车间的风量、机房面积等具体情况，其分装车间设计了一套空调净化系统。空调机组出风段并列有带调节阀的出口。一个与辅助用房的送风管道连接，把经粗效、中效两级过滤的空调风直接送往各辅助房间；另一出白接至加压风机箱，再由管道接至主车间各高效过滤出风口。从表面看是把二级过滤与三级过滤系统合二为一，实际运行证明，在此具体条件下各得其所，既保证了主车间的洁净效果，又节省了堤备和机房面积。究其原因，两级过滤与三级过滤系统不宜合在一起，一是因过滤级数不同，通路阻力不等并随积尘而不断变化；二是回风洁净度不同对三级过滤系统不利。但在毛里求斯制药厂分装车间的空调净化系统中，在三级过滤的支路上增设了加压风机以平衡两支路的阻力，另外，主车间的回风接至加压风机箱形成自循环。仅有小部分含新风成分的空气来自空调机组。因此，二级过滤的回风对三级过滤系统并无多少干扰。
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