生物工程工厂的空气过滤设备可分为：提供发酵罐需要的压力较高的无菌空气设备，提供车间和局部需要（洁净工作台、层流罩）的压力较低的无菌空气设备。近十几年莊无菌空气制备方面取得了划时代的长足进步。新型过滤介质、过滤材料的出现，已经结束了棉花过滤器的时代，取用过滤效率高，阻力小的膜过滤、超细纤维材料。
由于总过滤器使用棉花介质过滤，分过滤器使用超细玻璃纤维滤纸，所以对系统中的除油水要十分注意如一冷用深井水冷却，二冷用低于当地露点的冰水冷却，并分别用离心除水器和丝网除雾器除水。
        现代的空气除菌系统，彻底摒弃了空气过滤棉过滤介质，总过滤器使用３００ｎｍ厚的增强超细玻璃纤维滤纸，分过滤器分别使用了过滤效率为０．９９和０．９９９９的聚氟膜过滤器。图就是内蒙某生物工程公司使用的：两级冷却、一次分油水、三级过滤的空气除菌流程，使无菌空气制备系统更加可靠。
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